Das CSI-Team in Miami klärt mit Hilfe modernster Technik wieder spektakuläre Verbrechen in Miami auf und löst abenteuerliche Morde. Jedoch erfordern private Probleme der einzelnen zusätzliche Aufmerksamkeit...
Die 6.Staffel beginnt mit einer großen Überraschung - Horatio Caine (David Caruso) hat einen Sohn, von dem er bis dato nichts wusste! Jetzt muss er mit seiner Ex-Freundin Julia Winston um das Sorgerecht des kleinen Kyle Harmon kämpfen.
Doch damit nicht genug der Überraschungen: Das ehemalige Teammitglied Tim Speedle (Rory Cochrane), der vor einigen Jahren im Dienst ums Leben gekommen ist, scheint plötzlich wieder aufzutauchen. Auch die Fälle, die es zu lösen gilt, haben es in sich - Ein Schwimmer wurde während eines Wettkampfes mit Pfeil und Bogen erschossen, drei Waffenschieber durch eine geheimnisvolle Waffe nahezu zerstäubt, und nebenbei befindet sich Horatio selber ebenfalls im Visier von Attentätern.
Der muss sein Team auch beschützen, nachdem die neue Gerichtsmedizinerin an einem Tatort plötzlich erschossen wird. Vieles deutet auf einen Rachefeldzug gegen Horatio hin, der auf dem Flughafen von Miami seinen Höhepunkt finden soll...