In un mondo in cui la pioggia non cade più e il caldo uccide, l'umanità superstite del Nord Italia ha ricreato un fragile equilibrio all'interno dell'Arca, un'oasi chiusa tra cupole di vetro, alimentata da parabole che catturano l'umidita` residua per generare acqua, vita e benessere. Qui l'esistenza non scorre liberamente, viene testata.
E` una società divisa in classi segnate da gerarchie che nessuno può scegliere. In questo equilibrio forzato si muovono le vicende dei protagonisti di Acquario: Elia, che lavora nei condotti sotterranei, si aggrappa all'unica cosa che lo tiene vivo, l'amore per la sua compagna Sigrid. Lei e` una giovane biologa, lui un sorvegliato speciale. Tra loro, un patto segreto, una forma di resistenza: custodire un frammento di liberta` che il sistema non può controllare, con la speranza di ascendere un giorno al livello superiore. Sopra tutti dominano Burian, scienziato visionario e manipolatore sottile, e la genetista post-femminista Orlanda, chiamata "La Madre", che tra ferrei protocolli antimaschili e ricerche sempre più vane tenta di ripristinare la natalità praticamente azzerata.
Fuori dall'Arca, insieme ai reietti e agli insorti ridotti allo stremo, Assia, giovane ribelle che si espone attraverso video in cui mette in mostra il suo corpo da bodybuilder.
E mentre i destini dei personaggi si intrecciano nell'eco di un sistema che implode, l'Arca rivela la sua vera natura: una gabbia trasparente dove la liberta` resta solo un desiderio proibito.