En 1992, le journaliste Normand Lester de Radio Canada révèle que Claude Morin est un agent rémunéré des services secrets canadiens. Claude Morin reconnaît alors avoir eu des contacts dès 1951 avec la Gendarmerie royale du Canada (GRC) et admet, alors qu'il est membre de l'Exécutif national du Parti Québécois, avoir touché ente 500 $ et 800 $ (soit 2885 $ à 4616 $ en dollars d'aujourd'hui) à chacune de ses vingt-neuf rencontres avec son contrôleur, l'agent Léo Fontaine.Le principal fait d'armes de Claude Morin est d'avoir fait remplacer, dans le programme du Parti Québécois, la stratégie qui prévoyait l'accession à l'indépendance du Québec à la suite d'une victoire électorale par l'« étapisme », une stratégie référendaire comprenant au moins deux référendums, qui lui a été soufflée, de son propre aveu, par de hauts fonctionnaires fédéraux. Pour parvenir à ses fins, Claude Morin recevait de l'agent Léo Fontaine des informations qui lui permettaient d'identifier et d'isoler les opposants à ses machinations. Le « stratège » autoproclamé a aussi été un des principaux responsables de la déroute du gouvernement Lévesque lors de « la nuit des longs couteaux », au moment des négociations de 1981 sur le rapatriement de la Constitution.