Als eine Großstadt von einer großen Gefahr bedroht wird, liegt es an Ash, Pikachu und ihren Freunden, das Unheil abzuwenden: Ein riesiges Pokémon-Habitat inmitten des geschäftigen Treibens einer Metropole sollte sich eigentlich als perfektes neues Heim für eine Gruppe Genesect eignen, aber die Ankunft dieser fünf Mysteriösen Pokémon entwickelt sich schnell zu einem Problem. Zum einen bedroht ihr Nest das Umspannwerk der Stadt und zum anderen greifen sie jeden an, der sich ihrem Nest auch nur ansatzweise nähert. Hinzu kommt, dass ihre Anwesenheit die Aufmerksamkeit des Legendären Pokémon Mewtu geweckt hat, das sich gut in die Genesect hineinversetzen kann, denn seine Ursprünge lassen sich ebenfalls auf menschliches Einwirken zurückverfolgen. Der Anführer der Gruppe der Heimatlosen, ein rotes Genesect, ist Mewtu gegenüber sehr misstrauisch eingestellt, so dass die Situation schnell außer Kontrolle gerät. Können Ash und seine Freunde den zerstörerischen Kräften dieser beiden mächtigen Pokémon Einhalt gebieten, bevor sie die Stadt dem Erdboden gleichmachen?