Einst hat Arceus den Bewohnern von Michina Town einen Teil seiner Macht in Form des Juwels des Lebens gegeben, um ihnen zu helfen. Als es an der Zeit war, diese Macht zurückzugeben, wurde Arceus jedoch betrogen! Jahre später kehrt Arceus voller Zorn zurück, um die gestohlene Macht zurückzuerlangen. Nicht einmal die vereinten Kräfte von Dialga, Palkia und Giratina können Arceus Zerstörungswut Einhalt gebieten.

Ash und seine Freunde haben sich mit Sheena verbündet und einen Weg gefunden, die Fehler der Vorväter gutzumachen. Es wird eine gefährliche Reise für die Freunde werden, denn selbst wenn sie das Juwel des Lebens zurückgeben können, bleibt abzuwarten, ob sie Arceus rechtzeitig stoppen können!