Mit der Eröffnung der zweiten Alpentransversale 1913, die in weiter Voraussicht elektrisch betrieben werden sollte, erfüllte sich der Kanton Bern den Wunsch, direkt mit Italien verbunden zu sein. Für die Finanzierung und den Bau der Lötschberglinie hatte er sich die Unterstützung Frankreichs gesichert, das ein grosses Interesse an einer Verbindung hatte, mit der das vom Deutschen Kaiserreich 1871 eroberte Elsass umfahren werden konnte. 1918, nach dem Ende des Ersten Weltkriegs, brachen harte Zeiten an. Frankreich hatte wieder eine direkte Verbindung nach Basel über den Gotthard nach Italien. Die BLS versuchte mit weitsichtigen technischen Lösungen, wie zum Beispiel mit der Elektrolokomotive Ae 6/8 oder dem Blauen Pfeil, die Effizienz zu steigern und mit innovativer Werbung Passagiere zu generieren. Mit Plakaten, Broschüren, buchbaren Diavorträgen und sogar einem Spielfilm wies die BLS auf die Schönheit der Landschaft hin, die mit ihr zu erreichen war. Trotzdem musste die BLS auch wegen der Wirtschaftskrise mehrere Male finanziell saniert werden. Nach dem Zweiten Weltkrieg entwickelte sich der Autoverlad von Kandersteg nach Goppenstein zu einem wichtigen Standbein. Mit dem geschickten Lobbying der Berner und Walliser in den 1990er-Jahren wurde auch der Lötschbergbasistunnel gebaut und schon 2007 eröffnet. Die BLS musste zwar den Fernverkehr an die SBB abgeben, betreibt aber heute die S-Bahn in Bern. Im Weiteren ist die BLS-Netz AG verantwortlich für den Betrieb des Lötschbergbasistunnels. Zum neuen wichtigen Standbein entwickelte sich mit der Bahnliberalisierung die BLS Cargo AG, die in Zusammenarbeit mit der DB die Güterverkehrsangebote im alpenquerenden Verkehr stark forcierte. Von 2002 bis 2008 steigerte die BLS Cargo AG die beförderten Nettotonnenkilometer von 870 Mio. auf 3,7 Mia.